La chromatographie en phase gazeuse implique la vaporisation et l'injection d'un échantillon au sommet de la colonne du chromatographe. Après cela, l'échantillon traverse la colonne en raison du flux de gaz mobiles, tandis que le la colonne elle-même a une phase liquide stationnaire qui s'adsorbe sur une surface solide inerte. À ce stade, plusieurs détecteurs différents peuvent être utilisés, produisant différentes sortes de sélectivité.
Il est important que le gaz vecteur soit chimiquement inerte, et les gaz fréquemment utilisés comprennent l'hélium, l'azote, le dioxyde de carbone et l'argon ; le choix spécifique dépend généralement du type de détecteur utilisé.
L'échantillon doit entrer dans la colonne sous forme de "bouchon" de vapeur, car une injection plus lente d'échantillons plus gros affaiblit la résolution et élargit la bande. Le plus souvent, une microseringue injecte l'échantillon dans un port de vaporisation à travers un septum en caoutchouc en tête de colonne.
Pour créer des résultats précis, il est important de contrôler les températures dans la colonne au dixième de degré près, mais la température optimale varie en fonction du point d'ébullition de l'échantillon. Une température juste au-dessus de l'excès moyen de l'échantillon donne un temps d'élution compris entre deux ou trois minutes à une demi-heure. Les échantillons qui ont une large plage d'ébullition ont tendance à bien répondre à la programmation de la température.
