Certains des inconvénients du génie génétique sont les risques pour la santé, les impacts environnementaux, les impacts sur l'agriculture et l'industrie, et les problèmes éthiques qui peuvent survenir en raison de l'ingénierie. Les inconvénients diffèrent selon le type de génie génétique en cours. Le génie génétique agricole est plus susceptible d'avoir un impact sur la santé, et le génie animal est plus susceptible d'avoir un impact sur l'environnement.
Le principal inconvénient du génie génétique est le risque qu'il présente pour la santé. Certains détracteurs prétendent que les cultures génétiquement modifiées sont intrinsèquement dangereuses, mais cela ne peut pas vraiment être vérifié car une grande partie des données sur les impacts sur la santé est contrôlée par l'industrie du génie génétique. Ce que les scientifiques savent, c'est que des risques pour la santé sont présents. En 1996 au Brésil et en 1990 en Amérique, il y a eu des cas documentés d'aliments modifiés provoquant des réactions allergiques, la transmission de maladies et même la mort.
Un autre inconvénient du génie génétique réside dans les problèmes qu'il cause à l'environnement. Les cultures modifiées peuvent devenir toxiques pour la faune qui a besoin de nourriture pour survivre, et l'ingénierie a également créé des types de mauvaises herbes résistantes aux pesticides. Ces nouvelles "super mauvaises herbes" peuvent étouffer les cultures et détruire l'agriculture et les habitats.
Certaines questions éthiques sont soulevées par le génie génétique. Les universitaires, les politiciens et les scientifiques ont débattu de l'utilisation de l'ingénierie pour améliorer les humains, les animaux et les plantes. Des organisations comme Greenpeace s'opposent avec véhémence à l'utilisation du génie génétique, selon le site Web de Greenpeace, et d'autres pensent que le génie génétique est la clé pour produire des aliments plus sûrs et plus abondants, ainsi que des personnes et des animaux en meilleure santé.
