Un écosystème aquatique est une communauté d'organismes et leurs interactions dans un environnement aquatique. Ce type d'écosystème n'a pas besoin d'être grand. Une goutte d'eau contient tout un écosystème aquatique car les micro-organismes contenus dans cette goutte d'eau sont indépendants des organismes extérieurs et entièrement pris en charge par cette petite quantité d'eau.
Un écosystème aquatique contient une grande variété de vie, des poissons et reptiles aux organismes microscopiques tels que les bactéries et les champignons. Il existe plusieurs types d'écosystèmes aquatiques, notamment les écosystèmes marins et les écosystèmes d'eau douce.
Un écosystème marin est un écosystème d'eau salée et le plus grand écosystème aquatique du monde. Un écosystème marin, à son tour, est divisé en écosystèmes ou zones plus petits. Par exemple, un récif de corail est son propre écosystème, tout comme les lagons et les zones intertidales. Ces écosystèmes contiennent des algues, des coraux, des poissons et des requins.
Un autre type important d'écosystème aquatique est un écosystème d'eau douce, qui se compose d'écosystèmes aquatiques lentiques ou lents, d'écosystèmes aquatiques lotiques ou rapides et d'écosystèmes de zones humides. Les écosystèmes lentiques comprennent les étangs et les lacs, qui se décomposent en zones ou écosystèmes plus petits, y compris les zones littorales, les zones d'eau libre et les zones d'eau profonde. Les écosystèmes lotiques comprennent les rivières et les ruisseaux. Alors que les écosystèmes lentiques et lotiques sont riches en poissons, les écosystèmes des zones humides contiennent en grande partie des plantes vasculaires et une variété d'espèces animales.