Les fédéralistes se sont opposés à la guerre de 1812 parce que la politique du parti adverse qui a déclaré la guerre, dirigé par Thomas Jefferson et plus tard dirigé par James Madison, a amené le bastion fédéraliste de la Nouvelle-Angleterre au bord de la misère. L'embargo de Thomas Jefferson sur la navigation américaine, au lieu de protéger les navires et les marins américains, a provoqué un chômage massif, la fermeture de banques et créé un quasi-arrêt du commerce.
Les républicains démocrates de James Madison ont déclaré la guerre à l'Angleterre non seulement pour atténuer le problème de la navigation, mais aussi pour donner aux États et territoires de l'Ouest la possibilité de s'emparer des terres du Canada. Même après que la déclaration de guerre ait été adoptée par le Congrès à une faible majorité, les États fédéralistes ont continué à s'y opposer, refusant d'autoriser les milices d'État à participer à l'effort de guerre. Ils accusent Madison de corruption et de vouloir s'allier avec Napoléon Bonaparte. Les démocrates-républicains, en revanche, accusaient les fédéralistes de vouloir diviser la nation et de se réaligner sur l'Angleterre. Certains gouverneurs de la Nouvelle-Angleterre ont ouvertement condamné l'effort de guerre.
En décembre 1814, des délégués d'un certain nombre d'États de la Nouvelle-Angleterre se sont réunis à la Convention de Hartford pour discuter de solutions au dilemme qui divise. Cependant, au moment où les représentants de la convention sont arrivés à Washington D.C. avec une liste d'amendements constitutionnels proposés, un traité de paix avait été signé avec la Grande-Bretagne et la guerre était terminée. Après cela, le Parti fédéraliste a décliné et a finalement disparu.
