Depuis leur découverte, en 1757, des amibes ont été trouvées vivant dans presque tous les habitats aquatiques imaginables. Elles sont endémiques dans l'eau douce, l'eau salée, les rivières, les ruisseaux et les ruisseaux. Certaines amibes peuvent être trouvées dans la rosée du matin, tandis que d'autres sont parasites et vivent dans le corps d'autres organismes.
Lorsqu'elles vivent dans des plans d'eau stagnants, les amibes ont tendance à se rassembler près du fond dans ou près de la boue. Cette affinité pour les sédiments humides se répercute sur les amibes terrestres, qui prospèrent dans les sols humides. Lorsque leur environnement se dessèche ou devient hostile, de nombreuses espèces d'amibes réagissent en formant un kyste et en hibernant jusqu'à ce que les conditions s'améliorent.
