Les tomates mûres rouges sont considérées comme un aliment sûr pour les cobayes, mais seuls les fruits mûrs doivent être donnés aux cobayes. Les tomates vertes, les feuilles et les tiges de tomates contiennent des composés toxiques qui peuvent rendre les cobayes malades .
Les tomates non mûres et les autres parties vertes de la plante contiennent de la tomatine et de la solanine. La tomatine est un alcaloïde toxique qui est également présent en petites quantités dans les tomates mûres, mais il n'a aucun effet toxique à des niveaux aussi faibles. Dans les quantités plus élevées présentes dans les parties de plants de tomates vertes, cela peut causer des maladies. La solanine est la même toxine trouvée dans les pommes de terre et d'autres plantes liées à la morelle. La solanine est si toxique pour les cobayes qu'il n'est pas recommandé de leur donner des pelures de pommes de terre. Les tomates mûres, en particulier les petits fruits tels que les tomates cerises, ne présentent aucun danger pour les cobayes et constituent une partie recommandée de leur alimentation.
