Le coyote mange des pélicans, tout comme les chats et les humains. Les petits mammifères et les oiseaux, comme les mouffettes, les goélands et les chats sauvages chassent les jeunes pélicans. Les humains sont également des prédateurs du pélican, le chassant pour ses plumes et mangeant la viande.
Les pélicans sont de gros oiseaux, ce qui en fait des proies plus difficiles pour la plupart des prédateurs dans leur environnement naturel. Pour cette raison, la plupart des animaux ne les chassent pas. Cependant, un pélican blessé qui ne peut pas voler est une proie facile pour les chiens sauvages, les chats sauvages et les grands mammifères.
En plus de la chasse aux pélicans, les humains ont également causé le déclin de la population de pélicans avec des pesticides, tels que le DDT. Ces pesticides rendent les œufs de pélicans infertiles ou font éclore des poussins endommagés. Certaines espèces de pélicans sont toujours en voie de disparition en Amérique du Nord.