La façon la plus simple de faire la différence entre les cobayes mâles et femelles est de mesurer la distance entre l'anus du cobaye et ses organes génitaux. Selon Pet Informed, la zone génitale d'un cobaye mâle mesure davantage de l'anus que la région génitale d'un cobaye femelle.
Une autre façon de déterminer le sexe du cobaye est d'examiner la forme des organes génitaux. Pet Informed explique que l'ouverture des organes génitaux chez les mâles ressemble à un point et que l'ouverture des organes génitaux chez les femelles ressemble à une fente verticale.
Selon Cavy Spirit, une façon de sexer des cobayes est de séparer soigneusement l'ouverture de la région génitale. Placez le cochon d'Inde sur le dos et séparez doucement les parties génitales. Sur les cobayes femelles, les organes génitaux ressemblent à un « Y » lorsqu'ils sont ouverts. Les cobayes mâles n'ont pas d'organes génitaux en forme de « Y ».
Les cobayes mâles peuvent également être sexés en appuyant doucement sur la zone au-dessus des organes génitaux. Cavy Spirit rapporte que lorsque la zone est pressée, le pénis fait lentement saillie.
De plus, les cobayes mâles ont une forme de beignet autour du rectum, contrairement aux femelles. La recherche de la forme du beignet autour du rectum est un moyen rapide de déterminer le sexe d'un cobaye, selon Cavy Spirit. Cependant, Cavy Spirit conseille que la meilleure façon de déterminer le sexe d'un cobaye est de regarder ses organes génitaux.