La principale différence entre les prions et les virus est que, bien que les deux provoquent des maladies, les prions n'ont pas de matériel génétique propre. Selon Merck, les prions diffèrent également des virus en ce que les conditions causées par les prions sont toujours fatale. La plupart des maladies virales peuvent survivre. Les prions ont tendance à frapper le système nerveux plus souvent que toute autre partie du corps.
Les virus se reproduisent en injectant du matériel génétique dans des cellules vivantes, qui sont ensuite récupérées et utilisées pour fabriquer plus de virus. Les prions, contrairement à tout agent pathogène vivant, n'ont pas de gènes. Comme décrit par Merck, certains prions, tels que ceux responsables de la maladie de Creutzfeldt-Jakob et de l'insomnie mortelle, sont créés par le repliement anormal de protéines par ailleurs normales présentes dans chaque cellule du corps. Ces protéines anormales sont chimiquement identiques à leur forme non pathogène, mais leur structure anormale altère leur fonction dans la cellule. Cela provoque souvent la formation de bulles dans les cellules du cerveau et conduit à la mort progressive du tissu nerveux dans le système nerveux central. Ce processus est toujours fatal et ne peut être guéri. Contrairement aux virus, les prions n'ont pas besoin d'être contractés à partir d'une source infectée, même s'ils le sont parfois, et peuvent parfois se former spontanément dans le corps humain pour des raisons mal comprises.
