Le sel gemme provient des dépôts trouvés autour des lits de lacs asséchés, des mers intérieures marginales et des baies et estuaires fermés. On le trouve également dans les sources salées et les mines souterraines.
Lorsque les lacs intérieurs, riches en sel, s'évaporent pendant les saisons sèches, l'eau se retire et du sel se forme sur les rives évaporées. Cela peut également se produire lorsque les affluents des lacs salés sont détournés à des fins humaines et agricoles.
Le sel gemme se trouve aussi parfois dans les gisements souterrains des régions non arides. Ces gisements, situés loin sous la surface de la terre, sont exploités et les gisements de sel se mélangent à l'eau chaude. Ce mélange dissout le sel dans une saumure, une solution de sel dans l'eau, qui s'évapore ensuite, pour créer des cristaux de sel. De plus, le sel gemme se trouve dans les sources salées, où l'eau salée sort du sol et forme des masses globulaires.
La plupart des sels gemmes commerciaux sont créés à partir de saumure de sel évaporée, et non à partir de cristaux naturels d'origine.
Les fabricants créent souvent artificiellement du sel gemme. Ce processus implique la croissance de cristaux à partir d'une solution d'eau salée évaporée et saturée.
Le sel gemme se trouve naturellement dans de nombreuses régions du monde. De vastes lits souterrains courent sous le bassin des Appalaches aux États-Unis et au Canada. Il existe également de grandes mines de sel et des dômes en Europe et au Moyen-Orient.