Des nids-de-poule se forment au fond des rivières lorsque les tourbillons creusent le substratum rocheux du fond de la rivière. Ces tourbillons se forment lorsque des tourbillons isolés se détachent du courant principal de la rivière. Si le motif du tourbillon est persistant, il peut creuser des irrégularités permanentes dans la roche qui forment les conditions initiales d'une érosion supplémentaire du nid-de-poule.
Une fois que la petite dépression est présente dans le substratum rocheux de la rivière, l'eau qui coule y transporte du sable et de petites roches. L'eau tourbillonnante du tourbillon transporte le matériau abrasif autour de la surface intérieure de la dépression. Cette action racle les parois et le fond du nid-de-poule qui s'agrandit et travaille à agrandir la caractéristique. Au fur et à mesure que le nid-de-poule grandit, des pierres plus grosses y sont entraînées et accélèrent l'érosion des côtés de l'élément. Ces grosses pierres, appelées abraseurs, peuvent être entraînées par la même eau en spirale qui les entraîne, ou elles peuvent se déposer au fond du nid-de-poule où elles restent indéfiniment.
Le nid-de-poule est généralement exposé lorsque la rivière au-dessus change de cours. L'eau à l'intérieur s'écoule ensuite ou s'évapore, laissant une fosse jonchée de gravats qui peut mesurer jusqu'à 25 pieds de large et 80 pieds de profondeur.