Tout plan d'eau salée ou d'eau saumâtre qui est peu éloigné du reste de la mer est considéré comme un lagon et se forme lorsque des bancs de sable ou des récifs s'accumulent le long des eaux peu profondes près de la côte ou lorsque les récifs coralliens poussent sur les îles centrales qui s'enfoncent. Les estuaires, ou ruisseaux d'eau douce, alimentent les lagunes au fur et à mesure de leur croissance.
Le mot "lagon" remonte à 1769, et sa première utilisation fait référence à l'étendue d'eau salée parsemée d'îles le long de Venise, que les plages du Lido protègent des ondes de tempête de la mer Adriatique. Le mot italien "laguna", qui est basé sur le mot latin "lacuna", ou espace vide, a été l'inspiration pour ce terme anglais. Certains lagons ont pris d'autres noms, comme Albemarle Sounds en Caroline du Nord ou la Banana River en Floride, mais ce sont toujours des lagons.
Lorsqu'un lagon fait partie de l'écosystème d'un récif corallien, le terme signifie la même chose que "récif arrière", qui est le terme technique utilisé par les scientifiques. Que le lagon fasse ou non partie d'un système corallien, ses eaux peu profondes le rendent extrêmement sensible aux changements de l'environnement.
