La mer Rouge tire son nom de la bactérie rouge qui habite le dessus de l'eau. On pourrait aussi l'appeler ainsi à cause des gens qui habitaient ses rives et à cause de la direction dans laquelle c'est en relation avec une ancienne façon méditerranéenne d'identifier les directions.
Il n'y a pas de raison définitive à la façon dont cette mer a glané son nom mystérieux, mais beaucoup pensent qu'il pourrait s'agir d'une combinaison de tous les facteurs. La mer contient un type particulier de bactéries appelées sciures marines. Cette bactérie se trouve au sommet de la mer et peut lui donner une teinte légèrement rouge si le moment et l'éclairage sont bons. Les Himyarites étaient un groupe d'anciens peuples qui vivaient le long des rives de la mer. Ces personnes étaient associées à la couleur rouge et la mer aurait pu être nommée en raison de leur importance dans la région.
À l'époque méditerranéenne antique, les directions étaient appelées couleurs. Le noir, le rouge, le vert et le blanc étaient définitifs pour le Nord, le Sud, l'Est et l'Ouest. La mer Rouge était au sud et était souvent appelée la mer du sud, ou la mer Rouge dans la langue des anciennes directions.