Bien que le calcaire lui-même n'affecte pas l'environnement, l'extraction du calcaire peut avoir un impact négatif. D'autre part, l'environnement peut affecter le calcaire en le décomposant.
L'extraction de calcaire peut polluer l'eau et créer des gouffres. Lorsque le calcaire se dissout alors qu'il est encore dans le sol, des grottes et des ravins se forment, un phénomène naturel connu sous le nom de karst. Bien que cela ne nuise pas à l'environnement dans sa forme naturelle, une fois le calcaire extrait, des gouffres peuvent se former et perturber les cours d'eau souterrains. Cela modifie la nappe phréatique naturelle. Le processus d'exploitation minière actuel modifie également les cours d'eau existants, ajoutant de l'eau supplémentaire aux ruisseaux et autres plans d'eau qui non seulement inonde la zone environnante, mais y ajoute également des polluants. En même temps, il puise l'eau d'autres éléments tels que les lacs et les étangs.
Le calcaire peut être endommagé par l'environnement par les intempéries et l'érosion hydrique. La pierre absorbe de l'eau qui peut la détériorer avec le temps. Si l'eau a une teneur élevée en acidité, les dommages sont plus immédiats. Le vent peut user les détails en pierre. Le calcaire est également sujet à la décoloration par exposition à l'huile, aux colorants ou même à des matières organiques, telles que des fientes d'oiseaux ou des matières végétales en décomposition. Il peut même avoir des taches de rouille s'il est exposé à du fer oxydant.
