Pendant la peste noire, les flagellants étaient des groupes de personnes qui erraient de ville en ville en se fouettant les uns les autres avec des fléaux. Ils croyaient que la peste était une punition de Dieu et que leur auto- la mutilation était une forme d'expiation.
L'arrivée de la peste noire a semé la peur et la panique dans toute l'Europe. En octobre 1347, un certain nombre de navires marchands génois accostent à Messine, en Sicile, avec tous les membres d'équipage morts ou mourants. Cette mystérieuse maladie couvrait la peau de gros furoncles noirs qui suintaient du pus et du sang. Au cours des cinq années suivantes, la peste s'est propagée dans toute l'Europe et a tué plus de 20 millions de personnes, soit près d'un tiers de sa population totale.
Bien que les scientifiques réalisent maintenant que les puces sur les rats portaient un bacille qui a apporté la peste noire et qu'il a également voyagé d'une personne à l'autre dans les airs, personne n'avait la moindre idée de ce qui a causé cette maladie terrifiante. Les gens fuyaient les malades et les laissaient mourir dans les rues. Certains ont attribué la maladie à des causes surnaturelles. D'autres, cependant, comme les flagellants, ont affirmé que c'était le résultat de péchés tels que l'hérésie, le blasphème, la fornication, la cupidité et la mondanité. En arrivant dans une ville, les flagellants se battaient rituellement trois fois par jour pendant 33 1/2 jours. Quand ils avaient fini, ils se rendaient à la ville suivante et répétaient le rituel. Bien que le pape ait d'abord toléré le mouvement des flagellants, il a fini par croire que les pénitents usurpaient son autorité. En 1349, il dénonça le mouvement, et il disparut peu après.