Les problèmes courants avec une fosse septique sont les boues dans le champ d'épuration et les trous, l'excès d'eau dans le champ d'épuration, l'incapacité de la fosse à traiter les solides, le compactage du sol sur la fosse septique et les plantes poussant à proximité de l'emplacement de la fosse septique . L'accumulation de produits non biodégradables à l'intérieur de la fosse septique et la croissance d'algues dans celle-ci sont d'autres problèmes.
Les boues qui pénètrent dans le champ de drainage bloquent les trous de drainage, ce qui peut entraîner un refoulement du contenu de la fosse septique dans la maison. Ce problème est résolu en pompant régulièrement le réservoir.
L'eau entrant dans le champ d'épuration en grande quantité dans un court laps de temps conduit à la saturation du champ avec les eaux usées. Si cette eau s'accumule, elle peut provoquer un refoulement dans les accessoires de tuyauterie. De plus, l'excès d'eau empêche le traitement des matières solides et les matières solides peuvent alors obstruer les tuyaux de distribution.
Une autre raison de l'incapacité de la fosse septique à traiter les déchets solides est l'ajout de vinyle, de papier et de produits non biodégradables dans la fosse. Ces matériaux occupent l'espace du réservoir, provoquent un remplissage rapide de l'eau et poussent les matières solides flottantes dans les tuyaux de distribution.
Le compactage du sol sur le réservoir se produit lorsque des véhicules lourds et des équipements y sont placés. Le sol compacté cause des dommages aux composants du système septique et ne permet pas au champ d'épuration de disperser facilement les effluents.
Les phosphates présents dans les détergents introduits dans la fosse septique favorisent la croissance des algues qui obstruent le réseau de distribution. Les racines des plantes poussant à proximité du réservoir peuvent endommager le réservoir, ses tuyaux et le champ d'épuration.