Il existe plusieurs prédateurs de l'hippocampe, dont le crabe, la raie pastenague, le thon et le manchot. Les hippocampes n'ont pas de mécanisme de défense naturel et ils ne nagent pas très bien — deux facteurs qui les laissent ouverts à la prédation et dépendent de leur environnement pour leur protection.
La taille de l'hippocampe est une chose qui aide à le protéger, car même le plus gros hippocampe ne mesure que 20 cm de haut, et l'hippocampe peut changer de couleur en fonction de son environnement, de sorte qu'il peut se cacher furtivement des prédateurs. Pourtant, il est très susceptible d'être mangé par d'autres créatures de la mer. Bien qu'un hippocampe mâle puisse donner naissance à 1 500 hippocampes ou plus à la fois lors de grossesses qui durent de 10 à 25 jours, seulement 1 % des bébés survivent.
