Les obstacles intermédiaires sont des facteurs qui posent des problèmes aux animaux migrateurs ou les empêchent d'atteindre leur objectif. Les exemples d'obstacles intermédiaires incluent les montagnes, les forêts, les déserts, les villes et les plans d'eau. Certaines de ces barrières bloquent la migration de certaines espèces, alors qu'elles ne ralentissent pas du tout d'autres espèces. Par exemple, un grand désert peut empêcher les amphibiens ou les insectes de terminer leur migration, tandis que les oiseaux le survolent.
Les oiseaux sont parmi les migrants les plus connus, et ils sont particulièrement doués pour cette pratique. Parce que la plupart des oiseaux volent si bien, ils peuvent simplement franchir la plupart des obstacles intermédiaires. Cependant, tous les oiseaux ne peuvent pas traverser de grands océans, et beaucoup sont limités à des endroits accessibles par voie terrestre. Les montagnes peuvent également constituer des barrières importantes pour les oiseaux qui ne peuvent pas les survoler. Les déserts, les villes et les rivières sont des obstacles importants aux migrations des mammifères, et souvent les mammifères doivent voyager beaucoup plus loin pour contourner ces obstacles.
Les humains peuvent également rencontrer des obstacles pendant les voyages migratoires. Les déserts et les montagnes sont particulièrement difficiles à traverser pour les humains, tandis que les forêts et les villes sont faciles à traverser pour les humains. Au fil du temps, les humains ont souvent construit des colonies à proximité de ces caractéristiques difficiles, comme un dernier arrêt dans lequel les voyageurs pouvaient se ravitailler et se reposer avant d'endurer des voyages difficiles.