Certains inconvénients du travail en équipe incluent le potentiel de conflit entre les membres de l'équipe, certains membres ne sont pas compatibles avec d'autres membres et la division du travail peut prendre trop de temps. Bien que généralement le travail d'équipe au sein d'une entreprise est perçu comme une chose positive, il y a des moments où cela peut être contre-productif.
Lorsque la direction envisage de former une équipe pour travailler sur un projet au sein de l'entreprise, la première considération doit être de savoir si les membres de l'équipe travailleront bien ensemble. Par exemple, s'il y a un conflit connu entre deux membres ou plus, les mettre dans la même équipe peut ne pas donner les résultats souhaités. En cas de conflit entre les membres de l'équipe, le travail d'équipe ne sera pas aussi efficace.
La direction doit également tenir compte de la qualité de la collaboration des membres potentiels de l'équipe. Il est tout à fait naturel que certaines personnes aient tendance à produire seules un travail de meilleure qualité tandis que d'autres s'épanouissent tout en étant capables de réfléchir avec leurs collègues. Si un employé est un solitaire, il y a de fortes chances qu'il ne convienne pas à une équipe.
Parfois, le vieil adage selon lequel « trop de chefs gâchent la soupe » est vrai et peut être appliqué dans certains cas au travail d'équipe. Lorsqu'elle envisage de constituer une équipe, la direction doit également se demander si cela sera rentable. Parfois, trop de personnes travaillant sur un projet ont tendance à brouiller les pistes plutôt que de rendre les choses plus claires et rationalisées.