Certains inconvénients des antibiotiques incluent l'inefficacité contre les virus, les interactions médicamenteuses potentielles, l'abus fréquent, la surutilisation et les effets secondaires potentiels. De plus, l'utilisation généralisée d'antibiotiques peut faire évoluer les bactéries en souches résistantes aux antibiotiques.
La résistance aux antibiotiques est la capacité d'une bactérie à résister à des doses élevées d'antibiotiques et à transmettre cette capacité aux générations futures. De plus, les bactéries résistantes aux antibiotiques peuvent transférer leur immunité, par le biais de plasmides, à d'autres souches et espèces de bactéries. Les superbactéries sont des bactéries qui ne répondent plus au traitement antibiotique. La tuberculose multirésistante, ou MDR-TB, est une superbactérie qui cause 1/2 million de nouveaux cas chaque année, à partir de 2014.
Les antibiotiques provoquent parfois des interactions médicamenteuses qui rendent un médicament inefficace, provoquent des effets secondaires ou endommagent les systèmes biologiques d'un patient. Le mélange d'alcool et d'antibiotiques peut diminuer leur efficacité ou provoquer des nausées, des vomissements et des effets respiratoires. Les antibiotiques rendent parfois les pilules contraceptives inefficaces. La rifampicine est soupçonnée d'avoir cet effet en raison de la dégradation accélérée par le foie des ingrédients actifs de la pilule. L'association de quinolone et de corticostéroïdes peut endommager les tendons.
La mauvaise utilisation et la surutilisation sont deux problèmes courants. Dans le passé, les médecins prescrivaient des antibiotiques avant de déterminer si une infection était bactérienne ou virale. Les agriculteurs et les vétérinaires utilisent encore des antibiotiques prophylactiques chez le bétail qui favorisent l'évolution des superbactéries. Les patients ne prennent souvent pas les antibiotiques exactement comme prescrits, ce qui permet à des souches résistantes de se développer.
Les antibiotiques peuvent provoquer des effets secondaires, tels que fièvre, diarrhée, nausées, réactions allergiques et déséquilibres physiologiques, qui conduisent à des infections secondaires.
