Les éternuements déclenchés par la consommation de chocolat sont dus à une réaction du nerf trijumeau à un stimulant, déclare The Atlantic. Cette réaction est similaire au « réflexe d'éternuement photique » qui pousse certaines personnes à éternuer en plein soleil. .
La raison de la réaction n'est pas clairement comprise et il n'existe aucun remède connu. On pense qu'un certain entrelacement des nerfs qui relient les yeux, le nez et la bouche envoie un message mitigé au cerveau et entraîne un éternuement. Le terme donné à ce phénomène d'éternuement chocolaté est également "réflexe d'éternuement photique".