Certains des inconvénients de l'intégration économique régionale comprennent un déplacement de la main-d'œuvre, une efficacité moindre dans le commerce, la création de barrières commerciales pour les non-membres et une perte de souveraineté dans une certaine mesure. L'intégration économique est, cependant, considérée comme la clé du développement international, car elle élimine plusieurs barrières commerciales entre les États membres.
L'un des inconvénients de l'intégration économique régionale est qu'elle encourage un déplacement de la main-d'œuvre. Si, par exemple, une région particulière offre des opportunités lucratives, la plupart des professionnels sont obligés de quitter leur pays d'origine pour le pays offrant de meilleures opportunités. Cela peut créer de nouveaux défis pour le pays d'origine alors qu'il essaie de rivaliser avec les autres.
Un autre inconvénient est que l'inefficacité commerciale peut survenir. Par exemple, si un pays est traditionnellement engagé dans le commerce avec un pays particulier, son commerce peut être contraint de cesser si de nouvelles lois sont établies qui empêchent les pays de commercer avec d'autres qui n'appartiennent pas à l'union économique. Les pays de l'Union peuvent proposer des prix plus bas ou être trop chers, ce qui rend le commerce difficile ou moins lucratif.
Une fois que de nouvelles lois régionales entreront en vigueur, les pays membres peuvent perdre leur souveraineté dans certains domaines. Les nouvelles lois peuvent obliger tous les pays à se consulter et à dégager un consensus avant de faire de nouvelles choses, et cela peut être considéré comme une perte de souveraineté.
