Les jaguars noirs et les jaguars tachetés sont la même espèce. Le pelage sombre des jaguars noirs est dû au mélanisme, un dépôt supérieur à la moyenne de pigment noir. Certains jaguars mélaniques ont des taches visibles tandis que d'autres sont d'un noir uni.
Beaucoup de gens appliquent le terme générique de "panthère noire" à n'importe quel grand félin noir. Les panthères noires ne sont pas une espèce distincte mais plutôt une espèce existante qui présente la mutation génétique « mélanisme ». Le mélanisme est simplement la surabondance de pigment sombre et apparaît chez certains tigres et léopards, ainsi que chez les jaguars. Chez la plupart des chats, le mélanisme est un trait récessif, ce qui signifie que le chat doit posséder deux copies de l'allèle mutant pour présenter une coloration noire. Chez les jaguars, cependant, le mélanisme est incomplètement dominant. Un jaguar avec une seule copie de l'allèle mutant montre une coloration plus foncée que la moyenne mais n'est pas aussi foncée que chez un individu avec deux copies. Bien qu'il s'agisse d'un trait dominant, le mélanisme ne survient que chez 6 pour cent de la population de jaguar. Il y a des spéculations que le mélanisme est plus commun localement dans les régions avec une forêt plus dense où la fourrure foncée offre un meilleur camouflage.
Certains jaguars noirs sont en fait pseudo-mélaniques ; « l'abondance » est un autre nom pour cette mutation. Plutôt qu'une augmentation du pigment noir global, l'abondance provoque une surabondance de marques. Dans certains cas, les taches sont si abondantes qu'elles se rejoignent, faisant apparaître le chat pseudo-mélanique totalement noir.
