Les systèmes de reconnaissance de caractères à encre magnétique offrent des niveaux de sécurité élevés car les caractères MICR sont écrits à l'aide d'encre à l'oxyde de fer et suivent un format strict, ce qui les rend pratiquement impossibles à falsifier ; cependant, ces systèmes spécialisés sont coûteux et ne peuvent être utilisés que pour lire les polices MICR écrites dans des formats spécifiques. Les cartouches utilisées dans les imprimantes MICR sont également plus coûteuses que les autres cartouches de toner.
Un autre avantage clé de la reconnaissance de caractères à l'encre magnétique est qu'elle a un faible taux d'erreur de lecture. Les scanners MICR sont développés pour déchiffrer avec précision les caractères, à condition qu'ils respectent les normes établies par l'American Bankers Association, ABA, et l'American National Standards Institute, ANSI.
Ces normes sont assez élevées et peuvent être difficiles à atteindre, ce qui peut constituer un net désavantage pour certaines institutions. L'ANSI gère et met en œuvre toutes les normes d'impression ; si les polices MICR ne répondent pas aux normes définies, elles provoqueront des erreurs de traitement et seront rejetées dans les banques et autres institutions.
La technologie de reconnaissance de caractères à encre magnétique est principalement utilisée par les banques pour vérifier la validité des chèques ; certaines compagnies aériennes les utilisent pour valider les billets d'avion. Les caractères et les chiffres se trouvent généralement au bas des chèques. Les imprimantes laser qui utilisent des toners MICR sont utilisées pour imprimer les caractères à encre magnétique.
