Dr. Le divorce de Charles Stanley d'avec sa femme en 2000 aurait été causé par ce que son ex-femme a décrit comme de nombreuses années de déceptions et de conflits conjugaux. Anna Stanley a initialement demandé le divorce en juin 1993, mais a été persuadée par Charles Stanley de le modifier en séparation de corps. Anna Stanley a de nouveau demandé le divorce en 1995, déclarant officiellement que leur mariage de plus de 40 ans était irréparable.
Dr. La procédure de divorce de Charles et Anna Stanley a provoqué un scandale dans la First Baptist Church d'Atlanta, en Géorgie, dont Charles était le pasteur principal au moment de la demande de divorce. Charles avait déclaré en 1995 que si sa femme divorcerait officiellement, il démissionnerait immédiatement de son poste au sein de l'église. Bien que le divorce soit devenu définitif, le Dr Charles Stanley est resté le pasteur principal de l'église avec le soutien positif de sa congrégation alors qu'ils votaient pour le retenir.
Dr. Le divorce de Charles a également provoqué une rupture avec son fils, Andy Stanley. Le conflit aurait dégénéré en raison du désaccord d'Andy avec la façon dont son père abordait le scandale du divorce et a culminé avec sa démission de la First Baptist Church. Andy Stanley a ensuite fondé l'église communautaire de North Point en 1995.