Il existe trois façons de différencier les canaris mâles et femelles : l'inspection génitale, l'apparence de la couleur et le chant précoce. L'éleveur Sebastian Vallelunga considère que l'inspection d'un canari sexuellement mature est une méthode pratiquement infaillible, le mâle ayant un pseudo-pénis qui dépasse de son évent, tandis qu'une femelle a un dôme rond dépassant au-dessus de l'évent. Les femelles prêtes à se reproduire ont un ventre plat en forme de torpille qui se rétrécit à une extrémité.
L'indication la plus évidente et la plus fiable du sexe est de savoir si le canari pond ou non un œuf. Certains éleveurs préfèrent séparer les sexes tôt pour favoriser un meilleur développement du chant chez les mâles, avant même que les poussins ne prennent leur envol. L'examen de la première chanson et l'analyse basée sur la couleur sont des outils utiles.
Le premier chant du canari, connu sous le nom de sous-chant, est un trille onirique au cours duquel la gorge du mâle se gonfle, reflétant le comportement adulte ultérieur. Au cours de la phase d'apprentissage de la chanson suivante, la chanson plastique, le mâle commence à intégrer des passages et des phrases pour adultes dans sa chanson, ce qui en fait un indicateur plus fiable du genre.
L'apparence de la couleur est une méthode moins cohérente avec des variations entre les espèces qui s'appliquent mieux aux canaris qui sont étroitement liés ou appartiennent à la même souche. De manière générale, Vallelunga pense que le canari plus pâle est une femelle.
