Les alternatives aux systèmes septiques domestiques traditionnels comprennent les filtres à sable à recirculation, les toilettes à compost, les systèmes septiques par évaporation-transpiration et les systèmes aérobies. Que ces méthodes ou d'autres méthodes alternatives coûtent moins cher que les systèmes traditionnels dépend de nombreux facteurs, tels que la taille de la maison, les réglementations locales et les tarifs facturés par les entrepreneurs locaux.
Les méthodes alternatives de traitement des déchets peuvent être similaires aux systèmes septiques traditionnels, tels que les systèmes d'eaux grises, ou aux méthodes qui détruisent les déchets, telles que les toilettes à incinération. Les méthodes supplémentaires incluent les systèmes de lagon et de lit surélevé.
Les fosses septiques aérobies traitent les eaux usées avec des produits chimiques désinfectants, permettant l'évacuation de l'eau dans les eaux souterraines sans utiliser de fosse septique.
Les réglementations dans certaines régions interdisent certains types de systèmes septiques, souvent en raison du niveau de la nappe phréatique ou d'autres critères d'utilisation des terres.
