La page d'accueil de PubMed fournit des informations sur le nombre de citations qu'elle héberge, ainsi que des exemples des types de littérature qu'elle propose, et auprès de quelle entité la littérature est collectée. Sous la rubrique Utilisation de PubMed se trouvent des liens vers un guide de démarrage rapide, des articles complets, une foire aux questions, des didacticiels et un outil de recherche d'essais cliniques. Des informations supplémentaires sur la page d'accueil incluent l'adresse du National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
Sous la rubrique Outils PubMed se trouvent des liens intitulés PubMed Mobile, Single Citation Matcher, Batch Citation Matcher, Clinical Queries et Topic-Specific Queries. La rubrique Plus de ressources propose des liens vers la base de données MeSH, les journaux de la base de données NCBI, les programmes Entrez Programming Utilities et LinkOut.
La rubrique Mise en route au bas de la page d'accueil contient des liens vers le National Center for Biotechnology Information education, un manuel d'aide NCBI et un manuel NCBI. Un lien vers la formation et les tutoriels est également disponible, tout comme un lien pour soumettre des données.
Sous la rubrique Ressources, les utilisateurs trouvent des liens intitulés Produits chimiques et essais biologiques, Données et logiciels, ADN et ARN, Domaines et structures et Gènes et expressions. La génétique et la médecine, les génomes et les cartes, l'homologie, la littérature et les protéines sont des liens supplémentaires.
La page d'accueil de PubMed propose un lien pour écrire le service d'assistance en bas à droite. Un lien de contact se trouve en bas à gauche.