Le ptérodactyle moyen avait une envergure de 3 pieds et pesait entre 2 et 10 livres. Les ptérodactyles n'étaient pas des dinosaures, bien que les deux groupes appartiennent au même groupe scientifique, les archosaures.
Les ptérodactyles étaient des reptiles volants avec des membranes ressemblant à des chauves-souris qui s'étendaient sur leurs membres antérieurs. Bien que certaines personnes puissent utiliser les termes "ptérodactyle" et "ptérosaure" de manière interchangeable, les ptérosaures étaient le groupe global auquel les ptérodactyles n'étaient que des membres. Certains ptérosaures ont atteint de grandes tailles, avec des hauteurs comparables à celles des girafes.
Les ptérodactyles semblent être parmi les plus petits membres du groupe des ptérosaures. Cependant, en 2015, les scientifiques n'ont déterré aucun spécimen de ptérodactyle adulte fossilisé, il est donc possible que les individus adultes aient dépassé l'envergure et le poids actuellement connus. Il existe actuellement deux espèces de ptérodactyle largement reconnues : Pterodactylus antiquus et Pterodactylus longicollum. Parmi ceux-ci, Pterodactylus longicollum est le plus gros.