Les écureuils ont une anatomie de rongeur relativement typique car ils ont de longues queues, quatre membres et de grandes incisives. En plus de leurs grandes dents de devant, les écureuils adultes ont 20 autres dents qui leur permettent de mâcher de la nourriture. Les dents des écureuils poussent constamment et les activités de rongement constantes des écureuils aident à empêcher les dents de devenir trop grandes. Les écureuils ont quatre orteils sur chaque pied avant, tandis que leurs pieds arrière ont cinq orteils.
Les écureuils sont recouverts d'une fourrure épaisse, ce qui aide à prévenir les blessures et à les isoler du froid. De plus, comme la fourrure est généralement brune, grise ou noire, cela les aide à se cacher des prédateurs. Certains écureuils ont des touffes de poils sur les oreilles, bien que la fonction ou le but des touffes ne soient pas compris. Les écureuils ont de longues queues touffues, qui les aident à maintenir leur équilibre tout en grimpant dans les arbres. De plus, les écureuils utilisent leur queue pour communiquer.
À l'intérieur, les écureuils ont une anatomie similaire à celle de la plupart des autres vertébrés. Leur bouche mène à leur œsophage et à leur trachée, qui se connectent respectivement à l'estomac et aux poumons. L'estomac se connecte à l'intestin grêle, qui à son tour se connecte au gros intestin. De plus, les écureuils possèdent un cerveau, un foie, des reins, un pancréas, une rate, une vésicule biliaire et des organes reproducteurs.
