Jupiter a une atmosphère sèche et épaisse ; les vents à grande vitesse, les turbulences et les tempêtes de longue durée sont courants. La météo sur Jupiter est très différente de celle trouvée sur une planète rocheuse comme la Terre.
Les vents dans la haute atmosphère de Jupiter ont été enregistrés à plus de 220 miles par heure. Les scientifiques ne savent pas exactement à quoi ressemble Jupiter sous les nuages. Cependant, la plupart pensent que l'atmosphère a une épaisseur d'environ 30 milles et contient deux couches de nuages. La couche inférieure de nuages est épaisse et opaque, tandis que la couche supérieure est fine et transparente. On ne sait pas ce qui se cache sous les nuages les plus épais, mais la plupart des scientifiques doutent que Jupiter ait une véritable surface qui forme la frontière entre la planète et son atmosphère. Il est possible que la « surface » soit une boule de gaz gelée et en suspension.
Jupiter a une célèbre tache rouge qui persiste depuis au moins plusieurs centaines d'années. La tache rouge est enregistrée dans pratiquement tous les documents historiques des astronomes qui ont étudié la planète. Les scientifiques soupçonnent que la tache rouge géante est en fait un ouragan ou une tornade sur Jupiter. Cependant, cette tempête est beaucoup plus grosse que toutes les tempêtes sur Terre. La tache rouge rétrécit et grossit avec le temps, mais à son maximum, elle approche les 25 000 milles de diamètre.