Le système d'encomienda était une structure de gouvernement féodal dans laquelle les indigènes d'Amérique du Sud et d'Amérique centrale étaient attachés à des terres dirigées par un encomiendero. Les indigènes devaient fournir du travail et un tribut, tandis que l'encomiendero était censé protéger eux et les éduquer dans les facettes du christianisme. En réalité, les indigènes ont été maltraités et réduits en esclavage.
Lorsque les conquistadores ont présenté à la couronne espagnole une nouvelle terre conquise, ils ont également présenté un dilemme : comment gouverner un vaste nouveau territoire sans mettre en place un gouvernement rival. Le roi espagnol a décidé de créer de vastes propriétés foncières qui seraient présentées aux conquistadores, les récompensant tout en créant une structure de gouvernement décentralisée relevant principalement du roi. Malheureusement, les conquistadores n'étaient pas des propriétaires terriens bienfaisants mais des soldats brutaux qui se souciaient peu des habitants indigènes.
Les abus sont survenus rapidement. Les indigènes étaient forcés de travailler les champs ou les mines des encomienderos, quelles que soient leurs compétences antérieures ou leur position sociale. Ceux qui ont fui ont été pourchassés, tués ou torturés. Si les récoltes échouaient, les indigènes devaient produire un tribut ou faire face à une punition flagrante, ce qui pouvait entraîner la mort. Les conditions minières étaient horribles. Les surveillants espagnols ne se souciaient pas du nombre d'indigènes qui mourraient en obtenant de l'or et du mercure, tant qu'ils en obtenaient. Même les prêtres dotés d'encomiendas étaient la proie de la corruption, vivant souvent avec des femmes indigènes et se livrant au même genre de torture que les conquistadores. Après plusieurs décennies, le roi espagnol a adopté les nouvelles lois, conduisant à un système de repartimiento presque aussi abusif, qui soumettait les anciennes encomiendas directement à la couronne.
