Les flagelles aident les corps cellulaires, tels que les spermatozoïdes et les bactéries, à se déplacer dans le liquide. Les flagelles, comme les cils, sont composés de microtubules reliés à la membrane plasmique.
Les microtubules d'un flagelle sont regroupés en neuf paires entourant une paire de microtubules. Le mouvement des flagelles est le résultat du glissement des microtubules les uns contre les autres. Le filament, situé à l'extrémité du flagelle, est attaché au crochet et est composé de flagelline. Le mouvement du filament dépend du mouvement du moteur qui est connecté au crochet. Le corps basal ou moteur, qui est produit par les centrioles, peut se déplacer jusqu'à 300 tours par seconde.
Chez les bactéries, le flagelle permet au corps bactérien de monter ou de descendre en ligne droite et de changer de direction. Le corps basal qui s'attache au corps cellulaire affecte la disposition de la structure du filament. Le filament est de forme hélicoïdale, mais les protéines flagellines se réorganisent si le couple du moteur est appliqué ou supprimé. Certains corps cellulaires avec des flagelles sont capables de se déplacer à travers les tissus, créant des problèmes pour la lymphe ou le système circulatoire. Les flagelles sont souvent trouvés seuls ou en petit nombre, alors que de nombreux cils sont trouvés ensemble.
