Les systèmes d'exploitation Microsoft Windows exécutent l'utilitaire Défragmenteur de disque pour réduire le nombre de fichiers fragmentés sur un disque dur. L'utilitaire permet d'améliorer les performances de l'ordinateur en réorganisant les blocs de données de chaque fichier afin qu'ils résident dans des emplacements contigus dans le périphérique de stockage.
Au fur et à mesure que l'ordinateur crée ou supprime et modifie des fichiers, les données appartenant à des fichiers particuliers se brisent souvent en fragments qui résident dans des espaces déconnectés du périphérique de stockage. Cela provoque plus de mouvements de la tête du disque, ce qui signifie que le disque nécessite plus de temps pour lire et écrire des données. L'utilitaire Défragmenteur de disque optimise le placement des fichiers dans le périphérique de stockage pour aider le disque à retrouver ses vitesses de lecture et d'écriture les plus efficaces. L'utilitaire propose souvent une fonction d'analyse pour montrer combien de fragmentation existe dans le périphérique de stockage de l'ordinateur.
Les versions récentes de Windows ont des calendriers de maintenance pour exécuter automatiquement le défragmenteur de disque, évitant ainsi aux utilisateurs d'avoir à exécuter manuellement l'utilitaire. Par exemple, Windows 7 effectue une défragmentation une fois par semaine en début de journée. Les utilisateurs peuvent modifier le calendrier afin que l'utilitaire s'exécute sur une base quotidienne ou mensuelle à la place. En outre, ils peuvent modifier l'heure à laquelle l'utilitaire s'exécute et quels volumes de disque doivent subir une défragmentation.
Les utilisateurs qui décident d'exécuter manuellement l'utilitaire Défragmenteur de disque doivent sauvegarder leurs fichiers au préalable et vérifier que le disque est exempt d'erreurs. L'utilitaire doit terminer sa tâche sans interruption d'autres logiciels et panne de courant.