La cause la plus fréquente de l'eau de puits brune est la contamination par le fer. Un changement soudain de la couleur de l'eau signifie que le contaminant est nouvellement introduit dans le puits, et il peut être causé par une contamination industrielle, une plomberie rouillée luminaires ou du fer naturel s'échappant du sol.
Le traitement chimique et la filtration des sédiments sont utilisés pour éliminer le fer de l'eau de puits. Une fois le fer éliminé, l'eau nécessite un traitement chimique supplémentaire pour tuer toute bactérie consommatrice de fer qui aurait pu former un biofilm dans l'eau du puits. S'il reste du fer dans l'eau du puits, les bactéries peuvent revenir et provoquer des problèmes récurrents.
