Une réaction en chaîne par polymérase nichée, ou PCR nichée, est une altération de la réaction en chaîne par polymérase standard dans le but de réduire la contamination. CLCSupport explique que la contamination se produit en raison d'une liaison non spécifiée dans les produits .
Une telle liaison se produit lorsque des sites de liaison d'amorce inattendus sont amplifiés. C'est ce qu'on appelle une erreur d'amorçage. L'idée derrière la nidification, comme l'explique le National Center for Biotechnology Information, est d'examiner les parties externes des chaînes de polymérase pour les gros fragments. Ces fragments contiennent les petits fragments attendus et peuvent être amplifiés sans créer d'ambiguïté. Une fois que les fragments externes sont amplifiés, les fragments internes peuvent alors être amplifiés avec beaucoup moins de contamination.
