La niche d'un animal fait référence à sa place dans sa chaîne alimentaire écologique, et la niche d'un coyote est au sommet de la chaîne alimentaire car il n'a pas beaucoup de prédateurs, voire aucun. Le coyote est un prédateur féroce qui s'attaque à de nombreux animaux, ce qui entraîne une réduction des populations animales de petites créatures carnivores telles que le cerf de Virginie et le renard roux.
Dans certaines régions des États-Unis, les populations de coyotes ont augmenté au point où les coyotes limitent les populations naturelles de manière malsaine, car les populations de coyotes deviennent trop importantes pour les régions où ils vivent. Les coyotes commencent à apparaître dans les zones urbaines car ils sont furtifs lorsqu'il s'agit d'acquérir de nouveaux aliments.