Un chihuahua merle est un chihuahua au pelage tacheté. Le merle est un motif de pelage que l'on retrouve dans de nombreuses races de chiens domestiques ; il se compose de taches de couleur plus foncées sur un fond plus clair de la même teinte.
Chez les Chihuahuas, le merle est fortement associé à une multitude de problèmes de santé. Elle est liée à la surdité et aux anomalies de l'œil, du crâne et du système reproducteur. Plusieurs pays, y compris les 83 pays qui utilisent les normes européennes de la FCI, interdisent l'enregistrement des chihuahuas merle dans le but d'empêcher une nouvelle reproduction. Depuis 2014, l'American Kennel Club accepte n'importe quel manteau ou motif dans les Chihuahuas de qualité d'exposition, y compris le merle.