La spécification du système de fichiers NTFS permet un cryptage complet des données, ce qui offre aux utilisateurs une protection robuste contre l'accès non autorisé aux données ; seuls ceux qui ont un mot de passe peuvent déchiffrer les données. Sur les plates-formes Windows, FAT32 ne prend en charge que la gestion rudimentaire des autorisations sur les dossiers partagés, tandis que NTFS propose une gestion des autorisations sophistiquée.
Alors que les fichiers individuels peuvent être cryptés sur n'importe quel système de fichiers, NTFS prend en charge le cryptage à l'échelle du système. Cela donne aux utilisateurs un moyen de s'assurer que les documents importants sont protégés, de sorte que les défaillances du protocole de cryptage ou les vulnérabilités du logiciel de cryptage ne peuvent pas entraîner de vulnérabilités.
La prise en charge des modèles d'autorisation avec FAT32 varie en fonction du système d'exploitation cible, mais les systèmes d'exploitation Windows n'autorisent généralement que la gestion des autorisations au niveau du réseau pour les dossiers partagés. Sur les systèmes multi-utilisateurs, les utilisateurs cherchant à protéger leurs informations des autres utilisateurs doivent crypter leurs données.
En plus d'offrir une meilleure sécurité contre les accès non autorisés, NTFS offre également une meilleure sécurité d'intégrité des fichiers que FAT32. NTFS stocke un journal des transactions de données ; les entrées sont stockées avant que les informations ne soient déplacées, effacées ou copiées. Si l'ordinateur perd de l'alimentation pendant cette transaction, le journal peut aider à restaurer les informations perdues et à terminer la tâche. Les partitions FAT32, en revanche, sont vulnérables à la corruption des données. Cette corruption est souvent réparable, mais les données peuvent toujours être perdues.