Le président Lincoln a suspendu l'ordonnance d'habeas corpus dans un effort pour protéger la sécurité publique et réduire le potentiel de rébellion. De nombreuses personnes dans le Maryland étaient favorables à l'armée confédérée. Le Maryland était stratégiquement important car toutes les lignes d'approvisionnement et de communication terrestres traversaient Baltimore.
Le 27 avril 1861, le président Abraham Lincoln a donné son ordre au général Winfield Scott afin de protéger les voies ferrées vulnérables. La loyauté du Maryland envers le gouvernement fédéral était incertaine et le président a ordonné l'arrestation de plusieurs membres de la législature du Maryland qui avaient des sympathies confédérées.
John Merryman, de Cockeysville, Maryland a été arrêté pour avoir recruté et entraîné des soldats confédérés. L'avocat de John Merryman a demandé à la cour fédérale un bref d'habeas corpus, et le bref a été accordé par le juge en chef Roger Brooke Taney. Son ordre de comparaître devant le tribunal a été ignoré par les officiers militaires qui retenaient John Merryman prisonnier. Le juge en chef Taney a trouvé la suspension inconstitutionnelle lorsqu'il a rendu son avis, affirmant que seul le Congrès avait le pouvoir de suspendre le bref d'habeas corpus. La proclamation du président Lincoln du 24 septembre 1862 étendit son ordonnance de suspension antérieure à tous les États du pays et autorisa l'arrestation de quiconque critiquait l'effort de guerre de l'Union, y compris les rédacteurs de journaux. En plus de protéger des zones stratégiquement sensibles, la suspension du bref a également permis au gouvernement de juger des personnes devant un tribunal militaire.
