Les hippopotames sont en danger principalement parce que les braconniers les chassent pour leur viande et l'ivoire de leurs dents. D'autres menaces sont la perte d'habitat due à l'empiètement des établissements humains et le détournement de l'eau des rivières pour l'agriculture.
La viande d'hippopotame est vendue au marché noir comme un mets délicat. Le commerce de l'ivoire d'hippopotame a fortement augmenté après l'interdiction internationale du commerce de l'ivoire d'éléphant en 1989. Bien qu'une majorité de populations d'hippopotames habitent des zones protégées telles que des parcs nationaux, des zones de conservation, des réserves de chasse et des sanctuaires, les braconniers chassent les hippopotames dans les zones où il y a des populations civiles. les troubles ou l'application de la loi sont minimes. Par exemple, dans les années 1970, la Société zoologique de Francfort estimait à environ 30 000 la population d'hippopotames du parc national des Virunga en République démocratique du Congo. Pendant la Seconde Guerre du Congo, qui a duré de 1998 à 2003, des soldats congolais, des rebelles Maï-Maï et d'autres groupes de milices ont massacré des hippopotames sans discernement, de sorte qu'en 2006, il n'en restait plus que 600 environ dans le parc.
L'augmentation des établissements humains et le développement à proximité des zones d'eau douce habitées par des hippopotames entraînent des affrontements entre hippopotames et humains, car les hippopotames sont par nature des animaux extrêmement agressifs. Les humains ripostent ensuite en abattant les populations d'hippopotames. Lorsque les niveaux des rivières et des zones humides baissent en raison de l'irrigation des terres agricoles, cela a un impact négatif sur les habitats des hippopotames. Le problème est exacerbé en période de sécheresse.
