Bien qu'à partir de 2014, les baleines à bosse ne soient plus répertoriées comme menacées par l'Union internationale pour la conservation de la nature, les principales menaces pour leurs populations comprennent l'enchevêtrement des engins de pêche, les collisions avec les navires, les impacts sur leurs habitats de la pollution et le harcèlement des observateurs de baleines. Les menaces futures incluent la reprise proposée de la chasse commerciale à la baleine et le développement en mer d'installations minières de pétrole et de gaz.
La chasse commerciale intensive des baleines à bosse, qui a commencé au XVIIIe siècle et s'est poursuivie jusqu'au XXe siècle, a gravement appauvri les populations mondiales de baleines à bosse, en particulier après l'introduction du harpon explosif à la fin du XIXe siècle. Au cours du seul 20e siècle, les baleiniers ont tué plus de 200 000 baleines à bosse, jusqu'à ce que la population tombe à environ 700 baleines. La Commission baleinière internationale a été fondée en 1946 pour protéger les populations mondiales de baleines et, en 1966, elle a interdit la chasse aux baleines à bosse. En 1986, les baleines à bosse ont été déclarées en danger par l'UICN. En 1990, leur statut a été changé en Vulnérable. En raison de leur capacité à se rétablir avec une population mondiale d'au moins 80 000 personnes, l'UICN a reclassé les baleines à bosse dans la catégorie de préoccupation mineure à partir de 2008.
En 2014, la chasse commerciale des baleines à bosse est toujours interdite, sauf par de petits groupes indigènes dans des régions telles que le Groenland, Saint-Vincent-et-les Grenadines. Les décès de baleines à bosse par enchevêtrement dans des engins de pêche sont signalés chaque année par les pêcheurs américains et japonais. Les collisions avec les navires, bien que moins fréquentes, se produisent. Les écologistes sont préoccupés par le développement pétrolier et gazier offshore affectant les populations de baleines dans des endroits comme le Brésil, l'Angola, le Mozambique, Madagascar et le Gabon.
