Les tigres de Java ont disparu principalement parce que leurs habitats naturels ont été détruits et cultivés au profit d'une population humaine en croissance rapide, selon About.com. Ils ont été traqués et empoisonnés, et étaient considérés comme être nuisibles en raison de leur fréquence à Java au début du XIXe siècle. La compétition pour les proies s'est également accrue lorsque les chiens sauvages ont été introduits à Java.
Après la Seconde Guerre mondiale, de nombreuses forêts naturelles ont été détruites pour faire des plantations, qui ont été utilisées pour le teck, le café et le caoutchouc. Cette fragmentation des forêts a fait que les habitats naturels ont cessé d'être propices à la vie animale. L'espèce de proie la plus importante du tigre de Java, le cerf rusa, a été en proie à des maladies dans de nombreuses forêts et réserves au cours des années 1960, contribuant à la chute du tigre.
Bien qu'il y ait eu des observations non confirmées depuis, la dernière observation documentée de tigre de Java remonte à 1972, et l'UICN a officiellement déclaré le tigre de Java éteint en 2003. Vers la fin de l'existence du tigre de Java, ils ont été réglementés à la périphérie de la l'île de Java, et le mont Betin le plus habité, qui est la partie la plus haute et la plus reculée de l'île.
Bien que plus gros que le tigre de Bali, le tigre de Java était une sous-espèce relativement petite parmi les tigres du continent asiatique.
