John Hagee a divorcé de sa première femme, Martha Downing, en 1975. John et Martha se sont mariés en 1960 et le couple a eu deux enfants, Christopher et Tish.
John Hagee était le fondateur et pasteur principal de l'église Trinity. La nouvelle de son divorce imminent a surpris sa congrégation. Martha a obtenu la garde de leurs deux enfants lors du divorce. En 1975, après son divorce, Hagee a formé une nouvelle église, The Cornerstone Church. Après avoir fondé la nouvelle église, Hagee a épousé Diana Castro et ensemble, ils ont eu trois enfants : Christina, Mathew et Sandy. Hagee a eu 13 petits-enfants.
Certains prétendent que Hagee a eu une liaison extraconjugale avec Diana Castro, qui avait été membre de son ancienne congrégation. Hagee aurait écrit une lettre à son église admettant son immoralité.
