Certains protistes ont des parois cellulaires, mais d'autres pas. Les protistes avec des parois cellulaires comprennent les diatomées photosynthétiques, les algues rouges et les algues vertes, ainsi que les Oomycota ressemblant à des champignons. La plupart des autres protistes, tels que les algues brunes et les protistes ressemblant à des animaux, ne le font pas.
Différents groupes de protistes ont des parois cellulaires composées de différents matériaux. Les algues vertes et les Oomycota ont des parois cellulaires constituées au moins partiellement de cellulose, comme celles qui entourent les cellules végétales. Les algues rouges ont également de la cellulose dans leurs parois cellulaires, mais les parois contiennent également du carbonate de calcium. Les diatomées, qui sont le composant principal de la terre de diatomées, ont des parois cellulaires en silice.