Les marguerites présentent peu ou pas de risque de toxicité pour les humains, bien qu'il soit conseillé de consulter immédiatement un médecin si une question se pose. Certains types de marguerites sont cependant très toxiques pour les chiens, les chats et les chevaux .
La marguerite commune ou anglaise (Bellis perennis) et la marguerite vénéneuse (Anthemis cotula) sont deux variétés toxiques pour les chiens, les chats et les chevaux. Les symptômes de l'empoisonnement aux marguerites chez les animaux comprennent la dermatite de contact, les vomissements, la diarrhée, l'anorexie, les réactions allergiques et les saignements prolongés. Si un animal de compagnie ingère des marguerites, il est important d'appeler immédiatement un vétérinaire ou un centre antipoison de l'ASPCA. Gerber, ou marguerites africaines, ne sont toxiques ni pour les animaux ni pour les humains.