Les chiens Shiba Inu ne sont pas hypoallergéniques. Les chiens hypoallergéniques sont censés produire des allergènes à un taux inférieur à la normale. Cependant, les recherches indiquent que de telles races de chiens peuvent ne pas exister.
Aucun chien n'est connu pour être complètement hypoallergénique. Cependant, certains chiens sont présentés comme ayant moins d'allergènes ou comme étant plus compatibles avec les personnes allergiques, car ils ont une fourrure qui n'attire pas les substances allergènes. Bien que les niveaux d'allergènes varient d'un chien à l'autre, cet écart n'est pas basé sur la race du chien.
Les chiens Shiba Inu ont un double pelage avec un dessus droit et rigide et un dessous doux et épais. Les poils sur le visage, les oreilles et les jambes sont courts et lisses.