Le pasteur John Hagee a divorcé de sa première femme, Martha, en 1975. Les deux étaient mariés depuis 15 ans et avaient deux enfants : un fils nommé Christopher et une fille nommée Tish.
Le pasteur de l'église Cornerstone a ensuite épousé sa seconde femme, Diana, environ un an plus tard. Il a trois enfants avec sa femme Diana - Matthew, Christina et Sandy - ainsi que huit petits-enfants, à partir de 2014. Matthew est devenu pasteur exécutif à l'église de son père.
En plus d'être le pasteur d'une grande église non confessionnelle, Hagee a également écrit un certain nombre de livres et voyage souvent avec sa famille dans le cadre d'un groupe de chant.