Les cellules fonctionnent de la même manière que les usines en ce sens qu'elles absorbent des matières premières et utilisent de l'énergie pour produire des déchets et des produits finis. Dans le cas de la cellule, les produits finis sont des protéines qui peuvent être utilisées dans la construction et le fonctionnement du corps.
En plus des similitudes fonctionnelles entre elles, les cellules ressemblent également à des usines structurellement et collectivement. La membrane plasmique externe de la cellule est analogue aux murs d'une usine, et son agencement intérieur d'organites est approximativement similaire aux cloisons intérieures qui séparent l'atelier de réparation d'une usine et la salle de peinture. L'analogie avec la cloison intérieure s'effondre cependant, car la plupart des cellules permettent à leurs produits chimiques constitutifs de se mélanger librement, ce qui ressemble à une usine dans laquelle les machinistes et les ouvriers de ligne occupent les mêmes espaces de travail que le personnel d'entretien et la direction.
Les cellules sont également similaires aux usines en ce qu'elles sont des unités individuelles de production et de consommation dans le contexte d'une économie beaucoup plus vaste. Tout comme les usines sont des sites isolés d'activité économique qui sont connectés à d'autres usines et à leurs marchés dans la communauté plus large, les cellules sont regroupées en types de tissus et organes spécialisés. Les organes sont, à leur tour, organisés en systèmes dans le corps. Dans chaque cas, de petites unités travaillent ensemble pour créer une fonction globale plus harmonieuse.
