Les anacondas respirent par des narines placées juste au-dessus de leur museau. Ce placement est important pour leurs habitudes de prédation, car ils peuvent respirer alors qu'ils sont pour la plupart immergés sous l'eau avant de se faufiler sur leurs proies. Une fois à distance de frappe, ils jaillissent de l'eau pour envelopper leur proie et l'étouffer.
Certaines espèces d'anacondas sont capables de rester sous l'eau sans respirer pendant environ 10 minutes. Cette capacité permet une navigation rapide dans les eaux et encore plus de manœuvres d'alimentation furtives. Les anacondas vont parfois sur terre pour attraper leurs proies, mais ils préfèrent rester dans ou près de l'eau.